11月1日現在、ポケモンＧＯはroot化している端末では遊べません。 Googleのrooted検出システム 「SafetyNet」 によるもので、改造端末による不正行為を防止するために頻繁に検出システムの更新が行われています。
この 「SafetyNet」に対抗して、rooted検出システムをすり抜けるためのツールも開発されており、現状はお互いの対策が頻繁に行われる、イタチごっこの様相を呈しています。
ツールについてはこちらをご覧下さい。
さて、今回はroot化した端末を非rootに戻す手順について書きます。
rooted → 非root → rooted
この手順をパソコン無しでやります。 ポケモン対策ツール（magiskなど）が使えない人や、root化は不要だから元に戻したい人は参考にして下さい。
注意事項
この記事内で紹介している方法は、端末がブートループに陥ったり仮文鎮になったりする危険があります。 用語の意味が分からなかったり、仮文鎮からの復旧手段についての知識が無い人が安易に試すことはしないで下さい。
といっても非rootにするだけなら危険度は低いので、それほど心配はいりません。
私の端末環境
使用端末
LGL24 android4.4.2
ストックrom
ブートローダーアンロック可
ブート領域の署名が変わるとブート不可となる
systemless rootは不可
SuperSU 1.93（最新にすると動作しないアプリがあるのでこのバージョンを使用）
Xposed 2.7 twrp 2.8.0.0
非rootにする手順
Xposedを導入している場合はアンインストールします。 まずアプリ「Xposed installer」からモジュールのチェックを外し端末を再起動します。
次にアプリ「Xposed installer」からフレームワークをアンインストールして再起動します。
これでXposedはアンインストールされました。 次はSuperSUをアンインストールします。 まずスーパーユーザーを有効化のチェックを外します。
次に「ルート権限を放棄（アンルート）」を選びます。
しばらく待つとSuperSUのアイコンが消えてアンルートが完了しますので、一度端末を再起動しましょう。 再起動したらポケモンＧＯを立ち上げて、非rootであることを確認しましょう。
非rootから再root化する手順
rootedのときに利用していたSuperSUと同じバージョンの「UPDATE-SuperSU-v●.●●.zip 」を探します。 私の場合はUPDATE-SuperSU-v1.93.zipですが、ここから入手出来ました。
https://download.chainfire.eu/382/SuperSU/download.chainfire.eu
入手したファイルを適当な場所に保存したら、カスタムリカバリをブートします。
LGL24の場合、まず電源オフ。電源とボリューム（－）を長押しで電源オン。画面が表示されたら一度離して、もう一度同じように長押し。これでリカバリが立ち上がります。
カスタムリカバリ（ twrp ）が立ち上がったら、installから先ほどのUPDATE-SuperSU-v1.93.zipの選んで、SuperSUをインストールします。
インストールが完了したら、システムリブートで再びandroidを起動させます。 起動するとrootedになっていますので、rootアプリに権限を許可してあげて下さい。
再びroot化しているとポケモンＧＯが遊べないはずなので、気になる人は試してみて下さい。
さいごに
以上、駆け足ですが rooted → 非root → rootedの手順を説明しました。 androidスマホのみで出来る比較的簡単な手段だと思います。
ただし、トラブルがないとも限りませんので、パソコンにバックアップを取っておいて、パソコンから再root化やリカバリが可能な準備をしてから試すことをオススメします。